흥국사의 창건연대는 신라 661년 (신라 문무왕 원년)에 당대 최고의 고승이었던
원효대사가 북한산 원효암에서 수행하던 중 북서쪽에서 상서로운 기운이 일어나는 것을 보고 산을 내려와 이 곳에 이르게 되었고,
서기를 발하고 있는 석조 약사여래(藥師如來)부처님을 보신 원효대사가 인연도량이라 생각하여 본전(本殿)에 약사부처님을 모시고
'상서로운 빛이 일어난 곳이라 앞으로 많은 성인들이 배출될 것이다' 하며 절 이름을 흥성암(興聖庵)이라 하고 오늘의 흥국사를 창건하였다고 전한다.
그 이후 사찰의 역사를 가늠해 볼 수 있는 자료가 없어 자세한 자취는 알수 없으나
서기 1686년(조선 숙종 12년)에 중창한 사실과 영조시대에 크게 발전하였다는 기록이 있다.
이후에 여러 스님들이 중창을 하여 오늘에 이르게 되었다